while(n--)
    {
        gets(s);p=s;fun(p);
        for(i=0;i<flag;i++)
        {
            if(strcmp(p,x[i].a)==0)
            {
              (x[i].m)++;break;
            }
        }
        if(i==flag) {x[flag].m=1;memcpy(x[flag].a,p,sizeof(x[flag].a));flag++;}
    }
别的不说，这段足够让代码超时好几次了，处理字符数据的时候尽量不要硬着来（稍微变通一些），不要在循环里动辄调用函数，写算法题可以稍微忽略一点代码结构。另外，你的switch case也有些慢。最后，说一句，简单的数据表示往往能带来简洁的算法，所以是否使用结构体，请慎重。