我也用了SWITCH 但我用的是二维数组，看起来简单些
#define A 1
#define C 2
#define G 3
#define T 4
#define B 5//B表示空格
    value[A][A]=5;value[A][C]=value[C][A]=-1;value[A][G]=value[G][A]=-2;
    value[A][T]=value[T][A]=-1;value[A][B]=value[B][A]=-3;
    
    value[C][C]=5;value[C][G]=value[G][C]=-3;value[C][T]=value[T][C]=-2;
    value[C][B]=value[B][C]=-4;
    
    value[G][G]=5;value[G][T]=value[T][G]=-2;value[G][B]=value[B][G]=-2;
    value[T][T]=5;value[T][B]=value[B][T]=-1;

然后我用数字表示字母
 switch(oria[i]){
                 case 'A':a[i]=A;break;
                 case 'G':a[i]=G;break;           
                 case 'C':a[i]=C;break;             
                 case 'T':a[i]=T;break; 
但我实现写的不太好，开了几个多余的数组，貌似内存有点浪费